A su vez, la Legislatura de Buenos Aires se había instalado el 1º de mayo de 1852 y había designado como gobernador de la provincia a Vicente López y Planes. Este nombramiento disgustó a Valentín Alsina, quien aspiraba al mismo cargo y a partir de ese momento integró la fila de los opositores al vencedor de Caseros. Pero la Legislatura porteña, a pesar de haberlo elegido, pronto dio indicios de rechazo a la autoridad de López y Planes, a quien se consideraba hombre de Urquiza. Otorgó al gobernador autorización para concurrir a San Nicolás pero no le dio atribuciones para que firmara ningún acuerdo.
    No había regresado aún López y Planes, cuando se conoció en Buenos Aires el texto del acuerdo, publicado por el diario oficialista El Progreso. Los opositores juzgaban a López como un instrumento de Urquiza y sostenían que el documento firmado lesionaba intereses fundamentales de la provincia. López reasumió el mando el 14 de junio y al día siguiente envió a la Legislatura un proyecto de ley por el cual el Acuerdo de San Nicolás entraba en vigencia en todo el territorio de la provincia de Buenos Aires. Los debates a que dio origen el mencionado proyecto se conocen con el nombre de "jornadas de junio".
    Entre los defensores de lo pactado en San Nicolás estaban los integrantes del gabinete del gobernador López: el ministro de gobierno Juan María Gutiérrez, el de hacienda José Benjamín Gorostiaga, el de justicia e instrucción pública Vicente Fidel López, y el diputado Francisco Pico, único que apoyó la postura gubernamental contra la mayoría de los miembros de la Legislatura. Por su parte, encabezaban la oposición al acuerdo los diputados Bartolomé Mitre, Pedro Ortiz Vélez, Ireneo Portela y Dalmacio Vélez Sársfield.
    Las amplias facultades concedidas al general Urquiza por el lapso de los dos o tres meses en que quedasen a su cargo los destinos de la Confederación Argentina fue uno de los pretextos que según Victorica enarbolaron los opositores de Urquiza en la Legislatura de Buenos Aires. Otro punto conflictivo del acuerdo para Buenos Aires -y en realidad el punto crucial de su posición- era el que ordenaba la atención de los gastos con una parte proporcional del producto de las aduanas exteriores. Si bien no quedaba claramente especificado qué parte, obviamente era Buenos Aires la que perdería el monopolio de la aduana, ya que la de Corrientes para el comercio de aguas arriba o las terrestres de la cordillera poca renta dejaban para sostener los gastos del gobierno provisorio. Pero Buenos Aires no estaba dispuesta a perder la fuente de ingresos que venía sosteniendo su economía desde 1820. Vale señalar que gracias al ingreso aduanero, en 1851 el presupuesto de Buenos Aires excedía al de todas las economías de las provincias de la Confederación juntas (1).
    El general Mitre fue el primero en hablar en el recinto de la Legislatura, y parándose frente a Urquiza, dijo lo siguiente:

Las palabras de Mitre evidenciaban el celo de los hombres de Buenos Aires a perder su autonomía y su resistencia a una organización nacional en que dominasen las provincias.
    También se pronunciaron contra el acuerdo Portela y Esteves Seguí. El último se apartó del nivel elevado de la discusión y dirigió ataques personales contra Urquiza y el gobernador López. Portela a su vez cumplía con un plan premeditado, pues, cuando todavía se encontraban en Montevideo había expresado a Salvador María del Carril: "Dejemos que Urquiza derribe a Rosas, que ya nos llegará a nosotros la ocasión de derribar a Urquiza" (3). Esta frase pronunciada con anticipación a los sucesos de junio ilustraba cabalmente la posición tomada por los dirigentes porteños, cuyos planes habían sido utilizar a Urquiza para derrocar a Rosas pero de ninguna manera entregar a éste el gobierno de su provincia. Por último, Vélez Sársfield subrayó el peligro de crear una autoridad omnipotente en la persona de Urquiza -el mismo argumento de Mitre-, pretendiendo demostrar que el gobierno en manos del entrerriano resultaría un gobierno irresponsable dominado por un caudillo de las provincias (4).
    El diputado Francisco Pico alegó en contra de la opinión de Mitre y Vélez, que el acuerdo no otorgaba a Urquiza más poder que el que ya tenía, y que en cambio lo limitaba al comprometerlo a la convocatoria de un Congreso. Vicente Fidel López, ministro de instrucción pública e hijo del gobernador, hizo un alegato a favor del acuerdo, pero la opinión pública lo obstaculizó en todo momento. De esta manera, a partir del 22 de junio quedó eliminado todo posible entendimiento entre los hombres porteños y Urquiza. Sintiéndose desautorizado y habiendo sido agredidos sus ministros, López y Planes al día siguiente presentó su renuncia, aceptada por la Legislatura que eligió como su reemplazante al general Manuel Pinto.
    Ante los hechos, Urquiza reaccionó de inmediato. El mismo día de la renuncia de López y Planes -23 de junio de 1852- redactó una nota en Palermo por la cual declaraba disuelta la Legislatura porteña y resolvía asumir provisionalmente el gobierno de la provincia rebelde "por considerar la situación actual completamente anárquica y hallarse persuadido que su primer deber era salvar a la patria de la demagogia, después de haberla libertado de la tiranía". Asimismo, Urquiza dio orden de cerrar los periódicos de Buenos Aires, con excepción de El Progreso, y otorgó a los diputados Vélez Sarsfield, Mitre, Portela y Ortiz Vélez un plazo de 24 horas para salir de la provincia. El director provisorio, de acuerdo con las facultades que le otorgaba el Acuerdo de San Nicolás, volvió a nombrar gobernador provincial a Vicente López y Planes el 26 de junio, cargo al que éste renunciría nuevamente al mes siguiente (5).
    Ante este nuevo traspié, Urquiza, dispuesto a controlar a Buenos Aires a cualquier precio, intervino en la provincia rebelde a través de un golpe de Estado a fines de julio de 1852. Por el decreto del 26 de julio, Urquiza establecía:

Al conformar este consejo de estado, Urquiza incorporó a los miembros del consejo de hacienda que habían estado en actividad bajo el gobernador López y luego añadió seis miembros más, hasta totalizar quince personas. Fue un intento por ganarse el apoyo del antiguo elemento rosista, pues siete de ellos habían estado vinculados al régimen de Rosas. Tanto es así que el primer asunto que sometió al nuevo consejo trataba de la derogación del decreto anterior por el cual se confiscaban los bienes de Rosas (7).